Православная кафедра поименованная названием города Кустанай (ныне Костанай) была учреждена как викариатство Оренбургской епархии 13 ноября 1914 года. Епархия просуществовала до второй половины 1930-х, после чего пресеклась.
6 октября 2010 года епархия была возрождена в пределах Костанайской и Северо-Казахстанской областей Казахстана как самостоятельная Костанайская кафедра в составе Казахстанского митрополичьего округа, будучи выделена из состава Чимкентской и Уральской епархий. 5 октября 2011 года из состава Костанайской епархии была выделена самостоятельная Петропавловская епархия в пределах Северо-Казахстанской области, после чего в ведении Костанайской кафедры осталась собственно Костанайская область.
Храмы епархии
- Кафедральный Константино-Еленинский Собор, г. Костанай
- Храм в честь Архангела Михаила, г.Костанай
- Свято – Никольский храм, г. Костанай
- Храм Святой Троицы, г. Аркалык
- Храм Покрова Пресвятой Богородицы, с. Асенкритовка Тарановского района
- Храм Александра Невского, п. Аулиеколь
- Храм Косьмы и Дамиана, п. Боровское
- Храм в честь иконы Божией Матери «Достойно есть», п. Денисовка
- Храм преподобного Сергия Радонежского, г.Житикара
- Приход храма Великомученика и Целителя Пантелеимона, г. Житикара
- Храм в честь иконы Казанской Божией Матери, п. Затобольск
- Храм в честь иконы Божией Матери «Иверская», п. Камысты
- Покровский храм, п. Карабатыр Костанайской области
- Храм преподобного Серафима Саровского, п. Карабалык
- Храм Покрова Пресвятой Богородицы, п. Карасу
- Храм во имя Архистратига Божия Михаила, п. Качар
- Приход в честь иконы Божией Матери "Неопалимая Купина" в п. Красный Кордон
- Храм в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница», п. Кушмурун
- Храм Святого праведного Иоанна Кронштадтского, г. Лисаковск
- Михаило – Архангельский приход, с. Михайловка Карабалыкского района
- Храм в честь св. Царицы Елены, п. Пешковка
- Храм Святителя Николая, с. Пресногорьковка
- Богоявленский храм, г. Рудный
- Собор Иоанна Богослова, г. Рудный
- Храм «Всех святых», п. Сарыколь
- Часовня в честь Святителя Николая, с. Свердловка Денисовского района
- Храм в честь святого великомученика Димитрия Солунского, с. Тарановское
- Приход преподобного Сергия Радонежского, ст. Тобол
- Храм свт. апп. Петра и Павла, с. Узунколь
- Свято-Никольский храм, п.Федоровка
- Храм Архистартига Михаила, с. Фрунзенское Денисовского района